CNKI查重系统通过对论文中的论点、论据、论证方法等要素进行检测，评估论文的逻辑结构是否清晰，是否存在逻辑瑕疵和论证不严谨的情况。在检测过程中，系统会分析论文中的段落、句子之间的逻辑关系，判断论文的论证是否合理，逻辑是否严密。

此外，CNKI查重系统还会对论文中的引用、参考文献等进行检测，评估学术论证的严谨性和学术规范性。系统会比对论文中的引用文献与实际引用情况，判断论文的学术论证是否严谨，是否存在抄袭、剽窃等学术不端行为。因此，学者在撰写论文时应注意逻辑结构的清晰性和学术论证的严谨性，以通过CNKI查重系统的检测。