CNKI查重系统通过对论文的逻辑结构、语言表达、论据论证等方面进行综合分析，来判断论文的逻辑清晰度。它会对论文的段落结构、逻辑关系、论述是否紧密、论据是否充分等进行全面检测，从而评估论文的逻辑清晰度。此外，CNKI查重系统还会根据论文的主题句、论点、论据等进行分析，判断论文的论述是否合理、逻辑是否严谨。

此外，CNKI查重系统还会对论文的引用部分进行检测，判断引用是否规范、是否符合学术规范，从而进一步评估论文的逻辑清晰度。同时，CNKI查重系统还会对论文的逻辑结构进行整体评估，包括论文的开头、中间部分和结尾，以及段落之间的逻辑连接，来判断论文的整体逻辑是否清晰。这些综合分析可以帮助作者了解论文的逻辑表达是否合理，从而进行必要的修改和完善。