CNKI查重系统通过比对论文中的文字与其数据库中的文献、期刊、学位论文等内容，以及互联网资源进行相似度比对，从而判断论文中的文字是否存在抄袭行为。对于引用的区分，CNKI查重系统会对引用部分进行标记，从而帮助用户判断引用的合理性和准确性。此外，CNKI查重系统还可以通过分析文献的引用关系、引用频次等指标，帮助用户了解文献的引用情况。

在进行CNKI查重系统检测论文抄袭与引用的区分时，可以采用多种方法。首先，可以通过系统提供的查重报告进行逐条比对，查看相似度和引用标记情况。其次，可以结合人工审查，对比文献原文，判断是否存在抄袭或者合理引用。此外，还可以利用系统提供的文献引用分析功能，深入了解文献的引用情况，从而区分合理引用和抄袭行为。