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知网查重系统在保护论文隐私方面采取了多重措施。首先，针对论文内容，采用数据加密技术进行保护，确保文本信息不被非授权人员获取。其次，知网建立了严格的权限管理机制，只有经过授权的用户才能查看论文内容，有效保护了作者的隐私。此外，知网还对上传的论文进行匿名化处理，隐藏作者身份信息，保障作者的个人隐私。这些措施全面保护了学术论文的隐私，让作者和用户都能放心使用知网查重系统。